通俗解释：
一、简码字不同
98版的字根排放位置，进行调整（作者考虑，尽可能少出现重复组合，增加汉字组合的唯一性，而进行调整的），不过，就目前而言，大部分人都已经习惯86版的字根布局，所有98版使用都并不多。
二、连打支持程度不同，86版五笔：不支持连打。
三、组字方法不同
1、86版五笔：只处理国标简体中的6763个标准汉字。
2、98版五笔：英文键符小写时输入简体、大写时输入繁体这一专利技术，98王码除了处理国标简体中的6763个标准汉字外，还可处理BIG5码中的13053个繁体字及大字符集中的21003个字符。
更详细的解释：
98版对86版大致作了如下一些改进：
1，在字根——码元方面：A．98版所选用的码元（259个）比86版的字根（234个）多，而且作了多方面科学、合理的调整；于是相比之下，从汉字中取出码元就更容易辨识、更容易拆分，使取码比先前更便捷、快速。B．废除了一些似是而非的“强扭码元”，向着规范化方向迈进了一步。这样做，能消除用户对该编码的别扭感，减少对该编码学习难度。
2，在取码规则方面：A．98版比86版选用了更多的“重心码元”与“多笔码元”，使得在取码时减少了对一些码元的拆分，使得取码更顺畅、便捷；此外，把“笔画向前凑”改为“笔画往后靠”，也能使取码更顺畅、便捷一些，这些也是为提高输入速度所作的改进。B．改变了一些取笔画码的顺序，使得取笔画码的顺序与汉字的书写顺序保持一致，纠正了在86版中的一些取码错误，也向着规范化方向迈进了一步。
3，在简码的编码排方面：在86版五笔编码中，简码重复的现象比较多。例如“民主中要这同不为经”这9个是既有一级简码又有二级简码的汉字，其中“民主中要这”这5个汉字同时有一、二、三级简码、“同经”这2个汉字同时有一、二、三级简码及四级全码；而有二级简码的600多个汉字差不多都有三级简码。编码的这种编法在98版中已被改变，使简码重复的现象大为减少，从而减少了“编码位置”的浪费，使更多一些的汉字编排上了二、三级简码，使重码汉字也有所减少，有利于提高汉字的输入速度。
4，在词组方面：98版的词组比86版多且更合理，这对提高输入速度来说无疑也是有利的。
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