排除演义的因素在，诸葛亮与司马懿在历史上正真的正面对决只有两次，一次是卤城之战，诸葛亮诱敌深入，司马懿在这一仗中，被破甲三千甲首，还损失张颌。《汉晋春秋》《治治通鉴》均有记载。《三国志》只记载了张颌战死，有意避开了司马懿战败，《晋书》是直接写成司马懿大败诸葛亮，斩杀数万，有意提高司马懿，因为他们属于晋臣。《晋书》也因此被后人称为秽书，其中李世明最为突出。
卤城之战大家可能不熟悉，但是三国演义中的火烧上方谷大家肯定很熟悉，火烧上方谷是卤城之战的原型，只是没有火烧司马懿这一情节。这是诸葛亮与司马懿在历史上的唯一一次正面交手，司马懿以失败告终，之后失败了再也不与诸葛亮交手，因为他知道他不如诸葛亮，这就是后面司马懿为什么出现畏蜀如畏虎，千里请战的原因。
司马懿与诸葛亮第二次对决是，诸葛亮死后，也就是蜀国大军撤退时，司马懿得知诸葛亮死后，率领大军追击，然而被诸葛亮留下来的木像吓退司马懿数千里，这就是人们所说的死诸葛惊走活仲，虽然空城计是假，但是死诸葛吓走活仲达十万大军是真，而且比空城计还要厉害，空城计诸葛亮是活的，而后者诸葛亮是死的，司马懿都怕诸葛亮，最后感叹诸葛亮是天下奇才。《汉晋春秋》《魏书》均有记载。
纵观历史，诸葛亮无论从任何一个角度来说，在军事家都比司马懿要高得多，司马懿在三国也算得上一流军事家，面对公孙渊，孟达时哪种稳准狠把握的很好，但是面对诸葛亮，却只能窝囊死守，可见诸葛亮的军事才能有多高。现代很多人认为司马家族最后取得天下，司马懿比诸葛亮厉害，如果是这样认为的我觉得这只不过是哗众取宠罢了，蜀国灭亡离诸葛亮死后都相差三十年，撤不上关系，再者蜀国也不是司马懿灭的，司马懿都不知道死多久了，司马懿夺的是曹家政权，他后代一统天下，如何能算在司马懿跟诸葛亮头上呢，按照这个逻辑，秦朝的灭亡是不是改算在秦始皇头上？
诸葛亮和司马懿谁厉害
简单说来，诸葛亮厉害。
军事才能最直接的表现，当然是战场交锋。历史上，诸葛亮和司马懿曾经两次交锋，分别是231年和234年的北伐。
231年的北伐，诸葛亮出祁山，先用声东击西，围点打援，击败郭淮、费曜等人。接着司马懿大军杀到，与诸葛亮对峙与卤城。司马懿派张郃围攻蜀军南营王平部，自率主力准备围点打援截击诸葛亮主力。哪里知道诸葛亮直接命令魏延高翔吴班等杀出来，把司马懿揍得稀里哗啦。此战后，司马懿坚守不出。然后等诸葛亮粮尽撤军，司马懿逼着张郃去追赶。然后张郃中埋伏挂了。
司马懿学了这次乖，明白在战场上对诸葛亮要吃亏，于是下次234年北伐时坚守不出，直耗到诸葛亮死。
此外，还要考虑到本身魏国强，蜀国弱，而且蜀国攻，魏国守。这种情况下，两者的优劣还是比较明显的。
